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#microscopes

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INRAE JobsIngénieur-e biologiste en imagerieIR25-ECODIV-2 - Vous intégrerez l'Unité mixte de recherche (UMR) SILVA (INRAE, AgroParisTech, Université de Lorraine). L'unité a pour objectif de développer des travaux pluridisciplinaires sur l'adaptation des écosystèmes forestiers aux changements globaux. Intégrée à SILVA, la plateforme technologique SILVATECH labellisée par INRAE propose des services d'analyses, de développement et de formation à partir d'une gamme d'équipements de haute technologie regroupés dans deux pôles : Isotopie-Chimie (IC) et Imagerie et Mesures Multi-Modales (I3M) que vous intégrerez pour y assurer les missions suivantes :- En collaboration avec les communautés de recherches locales, nationales et européennes, vous mettrez à profit vos connaissances et vos compétences initiales fortes en biologie et physiologie végétale aux échelles fines, pour mieux appréhender et caractériser par imagerie, les réponses physiologiques et anatomiques de l'arbre aux contraintes de son environnement. Dans le cadre du projet de recherche de l'unité SILVA, vous conduirez des travaux permettant d'identifier des marqueurs anatomiques et physiologiques de la tolérance ou de la vulnérabilité de l'arbre aux stress multiples (ex : sécheresse, ennoyage, vent, attaque biotique). Pour ce faire, vous serez chargé-e de développer des méthodologies de microscopie corrélative permettant de combiner les informations biologiques acquises, à partir de différents équipements, sur les mêmes échantillons par des approches multi-échelles et multi-techniques. Ces approches corrélatives permettront de créer des passerelles entre les échelles micro à nanométriques mais aussi de combiner des informations structurales et fonctionnelles voire dynamiques à partir des échantillons observés. Pour ce faire, vous développerez des itinéraires méthodologiques complets et intégrés à partir du large éventail d'équipements récents présents sur le pôle I3M (2 Cryo-MEB équipés en micro-analyse EDS, WDS et RX, un microscope confocal à balayage laser, un microscope à microdissection laser, une station d'imagerie photonique numérique, un multiscanner RX, un système d'imagerie hyperspectrale, divers équipements reposant sur l'utilisation des rayons X ainsi que des équipements de préparations en microscopie, un plateau de préparation en histologie) et dynamiserez les liens entre les approches présentes sur le pôle (densité stomatique, densité des vaisseaux du bois, anatomie quantitative à grande échelle, dendrométrie/chronologie/chimie). - Vous coanimerez le pôle I3M constitué de neuf agents, en assurant des activités telles que la gestion des plannings et activités des agents, le développement et la validation de méthodes, le contrôle et gestion de la maintenance, l'investissement significatif dans la prévision, l'élaboration et la conduite des dossiers stratégiques (achat d'équipement, expertise), l'apport d'expertise au montage de projets et l'application des démarches qualités. Pour mener à bien cette mission, vous travaillerez en relation étroite avec les autres animateurs de pôle et le responsable de la plateforme Silvatech.- Vous coordonnerez une partie du parc d'équipements associé au pôle I3M en collaboration avec leurs responsables techniques.- Vous assurez et/ou coordonnerez la formation de stagiaires/doctorants/post-doc aux techniques et équipements de microscopie dans un cadre local ou national.- Vous vous impliquerez fortement dans les réseaux technologiques (ex : RCCM-RIME, COST COMULIS) afin d'assurer la veille technologique et la valorisation de vos travaux de développement dans ces communautés. Cette valorisation passera également par la rédaction et la participation active à des publications scientifiques aussi bien en biologie qu'en techniques instrumentales.

Cool custom-built #lightsheet #microscopes: Turns out you can build a tiny light-sheet projector by whipping an optical fiber back and forth in front of a GRIN lens. The entire assembly is hand-made (coils, magnet, casing) and fits into an 18G needle. This looks like it could be super useful for imaging deep in vivo, e.g. low in a cortex.

Light-sheet microscopy enabled by a miniaturized plane illuminator
Kim et al., Biomed Optics Express 2024
opg.optica.org/boe/fulltext.cf

Happy birthday to Antonie van Leeuwenhoek (1632 – 1723), the Dutch scientist & progenitor of #microbiology known for his improvements to microscope tech. He was a draper in Delft, then a politician with an interest in lensmaking. Using his handmade #microscopes, he was 1st to observe microorganisms, which he called tiny animals, or "animalcules". He also made pioneering microscopic observations on muscle fibres, bacteria, coffee & 🧵1/n

I've been working on #OpenSourceHardware #microscopes for #plankton, starting with #Planktoscope. Due to unsatisfactory optics and software, I began modifying the #OpenFlexure for flow imaging, creating the #FlowFlexure #microscope. This version includes a peristaltic pump and tube holder, fitting into the existing structure. The #OpenSCAD integration isn't perfect, and I'm seeking collaborators. Next steps are documentation and integration into the Client. #OSH #GOSH
code.srx.dev/srx/flowflexure-m

Happy birthday to Antonie van Leeuwenhoek (1632 – 1723), the Dutch scientist & progenitor of #microbiology known for his improvements to microscope tech. He was a draper in Delft, then a politician with an interest in lensmaking. Using his handmade #microscopes, he was 1st to observe microorganisms, which he called tiny animals, or "animalcules". He also made pioneering microscopic observations on muscle fibres, bacteria, coffee & … 🧵1/n

#linocut #printmaking #sciart #histstm#MastoArt

Great article in @Nature from Michael Brooks, that talks about #data interoperability formats for #microscopes, and how an #OpenSource format is hoping to increase interop.

The usual tales of difficulty with uptake of standards - and I'm reminded of Lawrence Busch's excellent book "Standards: recipes for reality" that talks about the way standards are shaped.

nature.com/articles/d41586-023

www.nature.comHow open-source software could finally get the world’s microscopes speaking the same languageA plethora of standards mean shareable and verifiable microscopy data often get lost in translation. Biologists are working on a solution.